Microbiote

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Types de microbiomes - Définition et exemples

 

1. Les micro-organismes

Ce sont des êtres vivants microscopiques, invisibles à l'œil nu, que l'on trouve partout.

On peut les trouver dans le sol, au fond des océans et même dans les intestins humains.

Les microbes sont souvent associés à des organismes nuisibles, comme les agents pathogènes.

Ce sont des micro-organismes qui causent des maladies chez les humains, les animaux, les plantes et d'autres êtres vivants.

Cependant, ces organismes plus grands abritent également des micro-organismes essentiels à la vie et au bien-être.

 

2. Qu'est-ce qu'un microbiome ?

Le microbiome désigne une communauté de micro-organismes occupant un habitat spécifique.

Lorsque nous parlons de microbiome, nous devons prendre en compte non seulement les types de micro-organismes, mais aussi leur activité.

Cela fait référence à la manière dont ils interagissent entre eux et avec leur environnement.

Ainsi, le microbiome est un micro-écosystème dynamique qui comprend les différents génomes et métabolites de la communauté microbienne, ainsi que les conditions environnementales prédominantes auxquelles ils sont exposés.

Il est intégré dans des macro-écosystèmes complexes, comme chez l'être humain.

Nous faisons souvent référence au microbiome intestinal comme étant le microbiome des intestins humains.

Ce micro-écosystème intestinal fait partie de l'écosystème plus large du corps.

3. Qu'est-ce que le microbiote ?

Le microbiote est un terme similaire, mais à ne pas confondre avec le microbiome.

Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes, tels que les bactéries, les archées, les algues unicellulaires ou les champignons, vivant dans un environnement donné.

La différence entre le microbiote et le microbiome réside dans le fait que ce dernier terme prend en compte les interactions entre les êtres vivants et leur environnement ; c'est-à-dire que le microbiome inclut le microbiote et son activité.

4. Le microbiome humain

Le microbiome humain varie d'un individu à l'autre.

Les communautés bactériennes dépendent de nombreux facteurs tels que l'humidité, la température et les nutriments, qui déterminent leur survie.

De même, la colonisation bactérienne se produit tout au long du cycle de vie d'une personne.

Les communautés présentes chez un nouveau-né ne seront pas les mêmes que chez un adulte, en raison de l'âge, de l'alimentation, du développement hormonal, de la maturité sexuelle et de nombreux autres facteurs différents.

Le microbiome peut être modifié par la prise de médicaments (ex. : antibiotiques), les changements alimentaires, le stress et bien d'autres facteurs.

Il existe des maladies qui peuvent résulter d'un déséquilibre du microbiome.

C'est le cas par exemple du diabète, des allergies, des maladies gastro-intestinales, de l'arthrite et même du cancer.

Voici quelques fonctions du microbiome dans le corps humain :

• Digestion

Les bactéries présentes dans le microbiome intestinal aident à décomposer les glucides complexes contenus dans les parois cellulaires des plantes, comme la cellulose, l'hémicellulose et la pectine. C'est pourquoi elles peuvent favoriser la digestion.

• Système immunitaire

Les bactéries peuvent signaler aux lymphocytes quelles cellules sont utiles et lesquelles sont nocives (antigènes). De cette manière, elles peuvent déterminer lesquelles deviendront dominantes dans l'environnement donné.

• Défense contre les agents pathogènes

Les bactéries présentes dans le microbiome de la peau, de la cavité buccale, des voies respiratoires et du vagin protègent les muqueuses contre la prolifération de micro-organismes pathogènes grâce à une barrière physique et chimique.

 

5. Microbiome du sol et des plantes

Un exemple de type de microbiome est le microbiome de la rhizosphère.

La rhizosphère se définit comme la partie du sol située dans l'environnement immédiat des racines des plantes.

De nombreuses interactions du microbiote du sol ont lieu dans cette zone.

 

Un autre exemple est la phyllosphère.

C'est là que se développent et interagissent des communautés de micro-organismes, comme des bactéries et des champignons, sur la surface aérienne de la plante.

Des exemples de tels microbiomes végétaux peuvent remplir les fonctions suivantes :

• Cycle des nutriments

Par le biais de processus tels que la minéralisation, l'immobilisation et la dissolution, les micro-organismes fournissent des nutriments que les plantes peuvent utiliser.

• Croissance des plantes

Les micro-organismes produisent des substances telles que des gibbérellines et des auxines, qui stimulent la croissance des plantes.

• Protection

La communauté microbienne protège les racines des plantes contre les agents pathogènes en produisant des antibiotiques, et peut également détoxifier certaines substances toxiques sécrétées par les plantes qui pourraient être nocives pour d'autres êtres vivants.

• Symbiose

Les micro-organismes peuvent établir une relation symbiotique mutuelle avec les plantes, favorisant leur croissance et leur développement.

• Dépollution

Par exemple, les microbiomes présents dans le sol et en contact avec les plantes peuvent aider à traiter les sols et les eaux contaminés, améliorant ainsi leur qualité au cours du processus.

 

6. Microbiome marin

Les océans abritent une grande diversité de micro-organismes liés à différents hôtes. Ils forment ainsi divers microbiomes.

La présence de microbiomes s'étend des invertébrés, comme les éponges marines, aux grands vertébrés, comme les requins.

Nous présentons quelques exemples de microbiomes des écosystèmes aquatiques et leurs fonctions :

• Cycle et stockage des nutriments

Les recherches montrent que les microbiomes des éponges marines contribuent au cycle des nutriments, tels que l'azote, dans les océans.

Ces organismes, ainsi que d'autres, sont également capables de stocker des nutriments, comme le phosphore, sous forme de phosphates.

Ils remplissent également une autre fonction essentielle qui consiste à convertir le carbone dissous émis par d'autres organismes en carbone organique, qui reste accessible aux organismes hétérotrophes.

• Défense

Divers organismes marins, comme les coraux, possèdent des bactéries sur leurs couches superficielles qui produisent des composés antibactériens. De cette façon, ils se protègent contre d'éventuelles infections.

Dans le cas des cétacés, comme les orques, le microbiome présent sur leur peau agit comme une barrière physique protégeant l'animal de l'environnement extérieur.

C'est un indicateur non seulement de sa santé, mais aussi de celle de l'environnement.

 

 

Dans cet article, nous n'avons pu aborder les microbiomes que de manière générale.

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Régimes, microbiome, diabète

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